由哥伦比亚大学Mailman公共卫生学院和哥伦比亚大学欧文医学中心医学系感染与免疫中心(CII)研究人员领导的一项研究报告了使用基因测序方法鉴定五年期间乌干达不明原因的呼吸道疾病后面的病毒病原体。该方法称为VirCapSeq-VERT，由CII开发，确定了九个感染集群，其中一个可能与英国旅游业有关。  

该研究发表在美国传染病学会期刊“临床传染病”上，并附有瑞士巴塞尔大学传染病和病毒诊断专家Hans H. Hirsch博士的社论。  

哥伦比亚大学研究人员与乌干达病毒研究所的同事一起，通过2010年至2015年期间乌干达八家医院的网络，确定了2,901例原因不明的流感阴性严重急性呼吸道感染(SARI)患者。研究人员的分析来自鼻腔和咽喉拭子的遗传物质在82%的样本中产生了病毒病原体的信息，其中最常见的是人类鼻病毒。他们发现了九个传染性集群，以及有关集群更可能发生的地方的信息：城市地区和雨季。在这些集群中，他们发现了之前未被认识到的与麻疹相关的SARI爆发可能与英国的旅游业有关，以及与猪和单峰骆驼病毒相关的新型微小病毒相关的集群。

“这项美国和乌干达研究的深度测序的发现很大的潜力，”Hirsch在他的社论中写道，“在两个病例中鉴定picobirnavirus以及麻疹是18例SARI簇的原因，令人印象深刻。值得注意的是，有五个案例可以追溯到2011年来自英国的未接种疫苗的游客以及英国曼彻斯特的疫情。”  

最先进的测试不仅为资源丰富的工业环境设定了标准，而且提供了创新性联合项目的可行性和影响的另一个概念验证以及先进研究之间的伙伴关系资源有限国家的团体和专门机构。  

共同第一作者，CII研究科学家Rafal Tokarz博士表示，低收入和中等收入国家使用的传统公共卫生监测系统往往未能发现或控制传染病的爆发。 “通过捕获有关高危人群的详细信息，同时快速识别任何新的病原体，精确测序可以改善这些系统，”他说。 “然而，有必要继续进行测试，以评估使用这些方法进行实时公共卫生监测的可行性。”  

“每年，急性下呼吸道感染导致全世界每年近300万人死亡，主要是儿童和老年人，”共同作者， CII主任，医学博士W. Ian Lipkin说 “此外，与禽流感，中东呼吸综合征和SARS等新型病毒相关的爆发，以及由麻疹等疫苗可预防的病毒引起的定期爆发，威胁着全球的健康安全。VirCapSeq-VERT将成为识别和遏制疫情的重要工具。”