几十年来对癌症基因组学的研究已经在许多癌症中发现了显性基因突变，这些突变决定了肿瘤的进展并指导了个性化治疗途径的设计。这类针对每种肿瘤的特定疗法比传统化学疗法更有效，也是近年来在癌症治疗中取得的进步的主要原因。
 
但是，三阴性乳腺癌是由多种突变引起的，这些突变以每种患者的独特组合方式共同起作用。到目前为止，尚无法找到能够提供预后指标或药物治疗反应的显性基因突变。
 
为了实现这一目标，CNIO的研究人员选择不分析三阴性乳腺癌中涉及的基因，而是分析它们的产物：合成由这些基因排序的蛋白质。他们的假设是，患者的众多遗传改变可以转化为所有肿瘤蛋白质及其蛋白质组的功能状态的可识别模式-即激活与否。
 
实验结果很成功。在34名患者的肿瘤样本中，研究人员发现了肿瘤蛋白激活的生化标志。虽然初步候选物超过两百万，但在复杂的生物信息学工具的帮助下，他们发现在所有这些信号中，只有在复发的患者中才能找到精确的组合。这些蛋白质通过激酶（其又是蛋白质）激活，因此下一步是找到负责这一信号的激酶。最后，该研究确定了六种激酶，这些激酶导致了复发患者蛋白质组的活化模式的形成。